Situata lungo la direttrice tra Todi e Marsciano, forse è l’antica “Tudernum” di cui parla Plinio nella Naturalis Historia, patria dei mitici fondatori di Todi.

Forse Fratta (Fracta) non è stata distrutta, come suggerisce l’etimologia, durante le invasioni barbariche. Nel medioevo era soltanto un vicus, un villaggio di contadini che coltivavano le terre del Vescovo di Todi. Nel “Liber Focularium” o “Libro dei fuochi” del comitato tuderte del 1290 viene indicata con il nome di Villa o Fracta Episcopi.

“Fratta del Vescovo” era insomma la zona dove il Vescovado possedeva molti terreni e, più tardi, luogo di riposo e di villeggiatura dello stesso Vescovo. Nell’età comunale le lotte tra Guelfi e Ghibellini coinvolsero anche Fratta Todina, che fu più volte attaccata da orvietani e perugini. Nel 1310 avvenne una grossa battaglia nei pressi di Montemolino, conclusasi con la vittoria di Perugia, che distrutto il ponte, usò le sue pietre per rafforzare le torri di Corciano. Fratta restò però nell’orbita del comune di Todi e del suo Vescovo.Nel 1416 Braccio Fortebraccio da Montone, vicario generale della Chiesa, signore di Perugia e di Todi, conte di Capua e gran connestabile del Regno di Napoli, ampliò e fortificò il castello di Fratta Todina per rendere il luogo più sicuro quando vi si ritiravano le sue truppe per svernare o quando egli stesso vi soggiornava. Nel XVI secolo il Vescovo Angelo Cesi fece erigere una splendida villa che, nel secolo successivo, fu resa ancor più bella dal Cardinale Altieri. Nel 1800 il paese gravitò economicamente su Marsciano, tanto che fu detta Fratta di Marsciano, almeno fino al 1846 quando tornò ad essere Fratta di Todi ed infine, dopo l’annessione dell’Umbria al Regno d’Italia nel 1860, divenne comune con il titolo di Fratta Todina.